紹興市上虞第二人民醫院前身為崧廈區衛生所，創建于1951年12月，由私人醫院崧陵濟生醫院、仁濟醫院、大公醫院、德濟醫院逐步演變整合成立，位于崧廈鎮東市，醫務人員7人，住院床位9張，1961年改稱崧廈區衛生院。

1965年醫院遷至崧廈西市（崧鎮南路2號），擁有醫務人員57人，住院床位65張。

1988年4月，更名為上虞市崧廈醫院，經省衛生廳批準晉升為縣級醫院，為上虞市第二家綜合性醫院，核定床位100張，職工總數94人。

1992年5月新建住院大樓一幢，設內、外、婦三個病區，床位120張。

1993年4月13日被評為Ⅰ級乙類綜合性醫院（國家標準：Ⅱ級丙類）。

1999年7月，根據上虞市編制委員會文件，對鄉鎮醫療衛生機構進行調整，原華鎮衛生院、聯豐衛生院、新建衛生院分別更名為崧廈醫院華鎮分院、崧廈醫院聯豐分院、崧廈醫院新建分院，并取消原法人資格，人事、財務由崧廈醫院統一管理。

2000年6月改名為上虞市第二人民醫院，下屬三分院亦相應更名。

2002年11月，因上虞行政區劃調整，原瀝東鎮的三聯、四埠衛生院由上虞市第二人民醫院統一管理并相應更名。

2005年7月整體遷入現址：紹興市上虞區崧廈鎮百崧路328號，郵編：312365

2005年10月核定床位160張。

2005年12月被評為二級乙等綜合性醫院。

2008年8月8日增掛“崧廈鎮社區衛生服務中心”，下屬五個衛生院更名為社區衛生服務站，同時陸續新建10個社區衛生站。

2011年11月17日與浙醫一院結為協作醫院并開通網絡醫療服務平臺。

2012年5月，調整崧廈鎮區域衛生規劃設置，撤銷呂家埠、舜源社區衛生服務站，變更為村衛生室，同時把原有53個村衛生室調整為20個村衛生室，調整后的村衛生室全部納入醫院緊密型一體化管理。

2012年8月15-16日接受浙江省衛生廳“二級甲等綜合性醫院”評審檢查，2013年1月省衛生廳發文公布：評定為“二級甲等綜合性醫院”。

2014年2月，因上虞撤市設區，醫院名稱變更為紹興市上虞第二人民醫院，掛紹興市上虞區崧廈鎮社區衛生服務中心牌子

2015年12月，因衛生和計劃生育局合并，增掛“紹興市上虞區崧廈鎮婦幼保健計劃生育服務站”牌子